да, ветки это webui/webapp и src/java/netxms-eclipse. Для веба используем Mars, RAP 2.3 или 3.0 (должно собираться и с тем и с тем). Релиз пока делаем на 2.3, поскольку 3.0 требует Servlet API 3.0, а некоторые сервера (Weblogic 11 например) его не поддерживают.